Madrasah Aliyah Negeri Poso pada awalnya adalah bernama Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Mapane pada Yayasan Al-Ikhlas Kementerian Agama Kabupaten Poso Didirikan pada tahun 1992 atas hasil inisiatif bersama para tokoh masyarkat Mapane pada saat itu diantaranya adalah :
(a). H. Muh. Amin Lahali, BA;
(b). Sawidy Ks, BA;
(c). Kepala Desa Bega;
(d). Imam Desa Mapane;
(e). Dan lainnya;
Inisiatif tokoh-tokoh masyarakat mapane tersebut muncul akibat fenomena yang terjadi pada siswa-siswi lulusan MTs. Al-Ikhlas Mapane yang melanjutkan pendidikannya ke jenjang selanjutnya harus ke MAN Palu yang berada di ibu kota provinsi. Maka pada tahun 1992 berdirilah Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Mapane dengan siswa angkatan I berjumlah 9 orang.
Untuk Kegiatan Belajar Mengajar MA Al-Ikhlas Mapane saat itu menempati gedung MI Alkhairaat Mapane . Adapun Kepala Madrasah yang menjabat pada saat itu adalan H. Muh. Amin Lahali, BA sampai dengan tahun 1997.
Kemudian pada tahun 1997 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 107 Tahun 1997 Tanggal 17 Maret 1997 Madrasah Aliyah Al-Ikhlas Mapane berubah status menjadi Madrasah Aliyah Negeri Poso Pesisir dan menempati lokasi untuk Kegiatan Belajar Mengajar, yaitu lokasi MI Alkhairrat Mapane (bersifat Pinjam Gedung). Selanjutnya pada tahun 1998 berdasarkan inisiatif dan usaha Dra. Ruwaidah Untango (Kepala Madrasah ke-2), Madrasah Aliyah Negeri Poso Pesisir telah memiliki tanah dan gedung sendiri atas hibah Pemerintah Daerah Kabupaten Poso, Maka sejak saat itu seluruh Kegiatan Belajar Mengajar dapat berlangsung di gedung yang sudah menjadi milik sendiri berlokasi di Jl. Trans Sulawesi Kelurahan Kasiguncu Kecamatan Poso Pesisir Kabupaten Poso. Madrasah Aliyah Negeri Poso Pesisir pada tahun tersebut dibangun di atas areal seluas 20.000 m2 dengan kondisi tanah yang masih banyak rawa. Dan pada tahun 2016 berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 680 Tahun 2016, Madrasah Aliyah Negeri Poso Pesisir berubah nama menjadi Madrasah Aliyah Negeri Poso.